Si trasferì a Ginevra dove si fermò per aiutare la diffusione dell'incipiente riforma. Nella città, le sue innovazioni politiche e religiose furono malviste da molti tanto da costringerlo a lasciare la città per trasferirsi a Strasburgo; dopo tre anni fece rientro a Ginevra. Tornato a Ginevra nel 1541 vi rimase fino alla morte, applicando in modo organico e definitivo i suoi princìpi, esercitando un assoluto dominio sulla città ed estendendo il suo influsso in larga parte d'Europa.

Il merito di Calvino è stato quello di creare una dottrina sistematica ed organica, ponendo un riassetto del pensiero di altri riformatori. L'Institutio Christianae religionis ha costituito nel campo protestante ciò che la Summa di Tommaso rappresenta per i cattolici.

Le chiese calviniste condividono le principali dottrine del cristianesimo e delle altre chiese, in particolare per quano riguarda l'unità e trinità di Dio e la natura divina di Gesù, così come formulate nei primi concili ecumenici.
Per quanto riguarda l'Eucarestia, Calvino presenta una soluzione sfumata e complessa. Pane e vino sono strumenti attraverso cui entriamo in comunione con la sostanza di Cristo, partecipando dei benefici del Dio incarnato.

Cuore della dottrina di Calvino è la predestinazione. Dio dall'eternità, con un atto della sua volontà, indipendentemente dalla previsione del peccato originale, sceglie alcuni per l'eterna felicità, altri per la dannazione eterna, dividendo l'umanità in due parti nette: dannati e salvati.

Secondo Calvino la stirpe degli uomini è totalmente malvagia e meritevole di distruzione. Dio però ha fatto sì che fra questa massa dannata vi fossero alcuni eletti, non per meriti propri ma per suo imperscrutabile volere, ai quali viene applicata la redenzione operata da Gesù Cristo, il quale con il suo sacrificio si è sostituito nella condanna che avrebbe dovuto toccare anche gli eletti. L'umanità è quindi divisa in due categorie nette, da un lato i predestinati alla dannazione, e dall'altra i predestinati alla salvezza. Le opere degli uomini che non appartengono alla categoria degli eletti, anche se apparentemente virtuose, non sono altro che detestabili vizi, poiché il cuore di costoro è intimamente corrotto.

Tuttavia "se le nostre opere non contribuiscono alla nostra salvezza - quanto meno - esse danno gloria a Dio e dobbiamo compierle per mostragli il nostro rispetto e per compiere la sua volontà".
Un certo calvinismo volgare ha finito per considerare il successo esterno, la ricchezza materiale come indizio della benedizione divina e della predestinazione alla salvezza, generando un certo disprezzo per i poveri.
La Chiesa non deve possedere alcun potere temporale, tuttavia l'autorità civile è tenuta a ri-spettarla e a contribuire alla costituzione di un regno di Dio, già sulla terra.

Questa dottrina, in questa formulazione così netta, divenne poi nei secoli successivi oggetto di disputa teologica all'interno delle chiese riformate.

Ginevra era una città indipendente e godeva di un'invidiabile prosperità economica, per questo era molto arduo far penetrare in questo ambiente l'austera dottrina del nuovo pastore. Fin dal 1541 Calvino poté introdurre le Ordinanze ecclesiastiche. Vennero istituiti quattro uffici ecclesiasti-ci: i diaconi (addetti alle opere di carità), i dottori (preposti alle scuole), gli anziani (erano dei laici a cui era affidata la cura e la sorveglianza sui costumi e sulla pietà popolare), i pastori (che predicava-no e amministravano i sacramenti). Ogni settimana i pastori e gli anziani si riunivano nel concistoro, ascoltavano le denuncie ed emettevano le sentenze. Ginevra così - fiera della sua indipendenza - aveva ormai perso la sua libertà (episodio del rogo di Servet).